Le conseil de la municipalité est formé de 15 élus, il est dirigé par le maire et deux adjoints.
Les membres du conseil sont répartis dans huit commissions.

Le service technique est composé de huit personnes.

Le service administratif est composé de deux personnes.

La commune de Niffer fait partie de la Communauté de Communes Porte de France Rhin Sud , le maire siège au bureau de la communauté et avec le premier adjoint et un conseiller ils représentent la commune au sein du conseil de la communauté qui comporte 22 conseillers.

La commune fait partie du Syndicat d'Eau " Ottmarsheim, Hombourg, Niffer ".